W związku z wprowadzeniem od przyszłego roku nowych regulacji w zakresie kwoty dochodu wolnej od podatku, zmianie ulegną równolegle zasady wyliczania i odprowadzania zaliczek na podatek dochodowy w trakcie roku.

1. Dochody ze stosunku pracy
Sposób wyliczania zaliczek nie ulegnie zmianie w stosunku do pracowników, których roczne dochody opodatkowane są wg stawki 18% (tj. nie przekroczą kwoty 85.528 zł). Płatnik, pod warunkiem posiadania oświadczenia PIT-2 pracownika, będzie pobierał miesięczne zaliczki na podatek dochodowy pomniejszone o 1/12 kwoty zmniejszającej podatek (46,33 zł). Jeśli wynagrodzenie pracownika przekroczy próg 85.528 zł, wówczas zakład pracy zobowiązany będzie obliczać zaliczki bez uwzględniania miesięcznej kwoty zmniejszającej podatek - począwszy od miesiąca w którym do owego przekroczenia doszło.
Od powyższej zasady ustawodawca przewidział wyjątki przedstawione na poniższym schemacie.

2. Dochody otrzymywane od organów rentowych
Osoby otrzymujące emerytury lub renty opodatkowane wg stawki 18%, nadal będą miały pomniejszane zaliczki o kwotę 46,33 zł. Zaprzestanie pomniejszania zaliczki o tę kwotę nastąpi w przypadku opodatkowania dochodów wg stawki 32%. Również w tym przypadku przysługiwało będzie prawo złożenia wspomnianych wyżej oświadczeń, które skutkują takimi samymi konsekwencjami.

3. Dochody z działalności gospodarczej opodatkowanej wg skali podatkowej
Zaliczki na podatek dochodowy od dochodoów z pozarolniczej działalności gospodarczej nadal będą wyliczane i odprowadzane do organu podatkowego na dotychczasowych zasadach. Obowiązek opłacania zaliczek powstanie poczynając od miesiąca, w których dochody przekroczą kwotę 3091 zł. Ewentualne różnice między uwzględnioną kwotą wolną a faktycznie przysługującą przedsiębiorca uwzględni rozliczając swoje dochody w zeznaniu rocznym.

1 stycznia 2017 roku zaczną obowiązywać nowe zasady dotyczące kwoty wolnej od podatku. Zostały one wprowadzone do polskiego porządku prawnego ustawą z dnia 29.11.2016 r. 
Kwota wolna od podatku oznacza poziom dochodów niepowodujący obowiązku zapłaty podatku dochodowego. Aktualnie znajduje się ona na poziomie 3091 zł, natomiast kwota obniżająca podatek w zeznaniu rocznym wynosi 556,02 zł - jest ona jednakowa dla wszystkich podatników, których dochody opodatkowane są wg skali podatkowej. Począwszy od przyszłego roku wysokość kwoty wolnej od podatku będzie uzależniona od poziomu osiąganych dochodów, wg poniższego zestawienia w tabeli:

Stopniowy spadek kwoty wolnej od podatku w powyższych przedziałach został określony ustawowo. Dla podstawy obliczenia podatku wyższej od 6 600 zł i nieprzekraczającej kwoty 11 000 zł kwota wolna od podatku wynosić będzie 1 188 zł pomniejszone o kwotę wyliczoną wg wzoru:

Dla podstawy obliczenia podatku wyższej od 85 528 zł i nieprzekraczającej kwoty 127 000 zł kwota wolna od podatku wynosić będzie 556,02 zł pomniejszone o kwotę wyliczoną wg wzoru:

Wprowadzona przez ustawodawcę reforma w zakresie kwoty dochodu wolnej od podatku wg szacunków resortu finansów będzie kosztowała budżet państwa ok. 1 mld zł w skali roku.